Lembaga Pembinaan Khusus Anak yang selanjutnya disingkat LPKA adalah Lembaga atau Tempat Anak yang Berhadapan dengan Hukum menjalani masa pidananya. LPKA Kelas II Jayapura mulai beroperasi pada tanggal 12 Juni 2017 yang sebelumnya menempati Kantor sementara di Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Abepura selama Proses Persiapan  dan Pembangunan Gedung LPKA Jayapura yang baru berdasarkan Surat Kepala Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Papua Nomor : W.30-448. UM.02.01 Tahun 2017 tentang Penunjukan Penempatan Satuan Kerja Sementara Lembaga Pembinaan Khusus Anak kelas II Jayapura pada Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Abepura pada tanggal 12 Juni 2017.

LPKA Kelas II Jayapura diresmikan secara Nasional oleh Menteri Hukum dan HAM RI melalui Virtual pada tanggal 27 April 2020 bertepatan dengan HUT Pemasyarakatan dengan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan HAM RI Nomor M.HH-01.0T.01.03 Tahun 2020, tanggal 23 April 2020.

Bangunan Lembaga Pembinaan Khusus Anak Kelas II Jayapura berdiri di atas tanah seluas 2500 M² dengan luas bangunan 1575 M², adapun batas batas sekitar lokasinya sebagai berikut :

Sebelah Barat     : Hutan Belantara (bagian belakang kantor)

Sebelah Utara     : Lapas Perempuan Kelas III Jayapura.

Sebelah Timur     : Perkebunan Masyarakat (bagian depan kantor)

Sebelah Selatan : Kantor Bapas Kelas II Keerom dan Kampung Bate

Hingga pada saat ini bangunan hunian Lembaga Pembinaan Khusus Anak Kelas II Jayapura yaitu 1 (satu) blok hunian yang terdiri dari 3 (tiga) kamar hunian dengan kapasitas maksimal 42 0rang (untuk setiap kamar hunian kapasitas maksimal 14 orang). Jenis pidana penghuni Lembaga Pembinaan Khusus Anak Kelas II Jayapura saat ini terdiri dari tindak pidana umum dan narkoba bagi anak yang berumur mulai dari 14 tahun sampai dengan sebelum 18 tahun.